「保健機能食品制度」は、消費者が安心して食生活の状況に応じた食品の選択ができるよう適切な情報提供を行うことを目的に、平成13年4月1日に創設された制度です。いわゆる健康食品のうち、国が安全性や有効性等を考慮して設定した規格基準等を満たした食品を、「保健機能食品」と称して販売できるようになりました。

保健機能食品は、大きく3つのカテゴリーに分類されます。当初から運用されていた「特定保健用食品」（トクホ）、「栄養機能食品」のほか、平成27年からは「機能性表示食品」が加わりました。なお、食品表示基準では、保健機能食品以外の食品にあっては「保健機能食品」と紛らわしい名称や、栄養成分の機能および特定の保健の目的が期待できる旨を示す用語の表示は禁止されています。

特定保健用食品とは、食生活において特定の保健目的で摂取をする人に対し、体の生理学的機能などに影響を与える保健機能成分を含む食品で、当該保健の目的が期待できる旨を表示することができます。略して「トクホ」とも呼ばれます。当該食品を用いた臨床試験を行ったり、医学・栄養学に基づいた有効性や安全性を示して、国の審査のもとに消費者庁の許可を受ける必要があります。

なお、通常のトクホ以外にも条件付きで以下の3つのトクホが運用されています。

ビタミン、ミネラルなど特定の栄養成分の補給のために利用される食品です。当該栄養養成分の一日当たり摂取目安量が定められた上・下限値の範囲内にあることに加え、必要な注意喚起等を表示することで、栄養成分の機能表示が可能となります。自己認証制度のため個別の許可申請を行う必要がないのが特徴です。対象食品は、消費者に販売される容器包装に入れられた一般用加工食品や一般用生鮮食品など。

機能性表示食品は、機能性を分かりやすく表示して商品の正しい情報を提供し、消費者が選択しやすくすることを目的に、平成27年4月にスタートした新しい保健機能食品の一つです。 国の定めるルールに基づき、食品の安全性と機能性に関する科学的根拠などの必要な事項を届け出れば機能性を表示することができます。機能性の科学的根拠については、「最終製品を用いた臨床試験」、もしくは「最終製品または機能性関与成分に関する研究レビュー（SR）」により取得する必要があります。
トクホとは異なり国は審査を行わないため、申請を希望する事業者は自らの責任で科学的根拠を基にした適正な表示が求められますが、これまでの食品や健康食品ではうたえなかった体の部位への効果を表示できるようになりました。